Рабочий семинар
cектора информатики и биофизики сложных систем

2006 год

06.09.2006 Пайзиев А. А. (Ташкентский институт электроники). Микроструктуры развивающегося хлопкового волокна

13.09.2006 Беляева Наталья Евгеньевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Применение модели ФС2 к описанию экспериментальных данных по регистрации относительного выхода флуоресценции после насыщающего импульса

22.09.2006 Тёрлова Лада Джураевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Центральные метаболические пути в хлоропласте

5.10.2006 Абатурова Анна Михайловна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Белок-белковые взаимодействия в фотосинтетическом электронном транспорте

В процессах фотесинтетического электронного транспорта задействовано множество белков и белковых комплексов. Пигмент-белковые комплексы фотосистема 1 и фотосистема 2 под действием света осуществляют трансмембранный перенос электронов. Подвижные переносчики электронов пластоцианин и ферредоксин переносят электрон, диффундируя в узком люминальном и стромальном пространстве. В работе рассматриваются белки пластоцианин, ферредоксин, ФНР, белковый комплекс фотосистема 1 и цитохромный b6f комплекс. Предлагается компьютерная модель взаимодействия белков, учитывающая сложную геометрию люминального пространства и подробно описывающая электростатические взаимодействия и форму белков.

12.10.2006 Пономарев Владислав Олегович (Институт биофизики клетки, г. Пущино). Моделирование механизмов воздействия слабых электромагнитных полей на биологические и физико-химические системы (по материалам кандидатской диссертации)

19.10.2006 Беляева Наталья Евгеньевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Модель ФС2 в применении к анализу индукционной кривой флуоресценции, вызванной насыщающим 10 нс световым импульсом, во временном диапазоне 100 нс – 10 с

Данные по измерению сигнала флуоресценции, возбуждаемой насыщающим импульсом длительностью 10 нс на препаратах термофильного штамма одноклеточной зеленой водоросли Chlorella pyrenoidosa Chick (нативных, с диуроном, с ортофенантролином) в диапазоне времени от 100 нс до 10 с и проанализированы с помощью математической модели процессов в ФС2. Показано, что в условиях короткого светового воздействия важен детальный учет процессов рекомбинации, в том числе безизлучательной в ФС2, а дальнейший перенос зарядов в ЭТЦ тилакоидной мембраны можно описывать одной реакцией повторного окисления хинолов. Включение в модель ФС2 реакций ингибирования диуроном электронного транспорта в акцепторной части ФС2 позволило описать кривые ИФ, регистрируемые в присутствии диурона. Определены параметры модели (рН стромы, константы скоростей реакций безизлучательной рекомбинации, начальная восстановленность пула хинонов), при которых адекватно описаны наблюдаемые в эксперименте соотношения максимального и начального уровней флуоресценции (Fm/F0).

26.10.2006 Тёрлова Лада Джураевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Развитие атеросклероза: данные эксперимента и математического моделирования

02.11.2006 Зульпукаров Магомет-Герей Меджидович (Институт прикладной математики им. М .В. Келдыша РАН). Моделирование шильниковского хаоса в системе Розенцвейга–Макартура методом русел и джокеров

В настоящее время методы и идеи нелинейной динамики и асимптотического анализа широко применяются при исследовании биологических систем. В статье рассматривается система Розенцвейга–Макартура, представляющая собой модель простой биологической системы – тритрофной пищевой цепи, и отличающаяся большим разнообразием динамических режимов. Используется новая техника численного моделирования – метод русел и джокеров. Данный метод основан на выделении посредством асимптотического анализа областей с большим горизонтом прогноза и малым числом существенных переменных (называемых руслами), и областей плохой предсказуемости (джокеров). Далее, для русел и джокеров используютя различающиеся алгоритмы моделирования. Показано, что обсуждаемый подход позволяет получить удовлетворительное качественное и количественное представление о динамике модели.

09.11.2006 Николаев Андрей Владимирович (ИХФ РАН). Процесс полимеризации фибрина. Проницаемость фибрин-полимерной сетки

16.11.2006 Коваленко Илья Борисович (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Компьютерное моделирование взаимодействия белков

23.11.2006 Жадановская Екатерина Александровна (Ростовский государственный университет). Моделирование пространственно-временной динамики стеблевого кукурузного мотылька под воздействием трансгенной кукурузы (по материалам кандидатской диссертации)

30.11.2006 Фурсова Полина Викторовна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Исследование функционирования лигнолитического комплекса гриба Panus Tigrinus. Часть 1. Моделирование ферментативного цикла лакказы

07.12.2006 Плюснина Татьяна Юрьевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Гистерезис в распределенной модели «Брюсслелятор»

14.12.2006 Докукина Ирина Владимировна (Физический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова.) Моделирование нелинейной динамики сигнального кальция в клетке и многоклеточных структурах (по материалам кандидатской диссертации)

21.12.2006 Отчет сотрудников сектора о работе в 2006 году