Рабочий семинар
cектора информатики и биофизики сложных систем

2007 год

22.02.2007 Докукина Ирина Владимировна (Физический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова). Клеточные структуры и опосредованные ионами кальция сигнальные пути: математическое моделирование (по материалам кандидатской диссертации)

01.03.2007 Антоненко Юрий Николаевич (МГУ им. М.В.Ломоносова, НИИ Физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского). Функциональные последствия взаимодействия ионных каналов в мембране

15.03.2007 Пырков Тимофей (МФТИ, ИБХ РАН). Докинг: изучение межмолекулярных взаимодействий рецептор–лиганд с помощью методов компьютерного моделирования

22.03.2007 Абатурова Анна Михайловна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Моделирование взаимодействия пластоцианина и цитохрома f в люмене тилакоида

29.03.2007 Плюснина Татьяна Юрьевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова). Моделирование биосинтеза рибосомальной РНК

05.04.2007 Кондратьев Максим Сергеевич (Пущино, Институт биофизики клетки РАН, Лаб. структуры и динамики биомолекулярных систем). Сворачивание α-спиралей. Экспериментальный и теоретический подход (по материалам кандидатской диссертации)

12.04.2007 Шигаев Алексей Сергеевич (Пущино, Институт Биофизики клетки РАН, Лаборатория механизмов рецепции). Модель влияния слабого магнитного поля на вероятность рекомбинации радикальной пары в биомембране (по материалам кандидатской диссертации)

26.04.2007 Богатырев Михаил Юрьевич (Тульский государственный университет). Генетические алгоритмы: принципы работы и применение в задачах моделирования

17.05.2007 Кацнельсон Леонид Борисович (лаборатория математической физиологии Института иммунологии и физиологии УрО РАН, г. Екатеринбург). Математическое моделирование регуляции сокращений сердечной мышцы в норме и ее нарушений при патологии

Разработана математическая модель механической активности сердечной мышцы. Первая версия модели основывается на классической реологической схеме, состоящей из активного (контрактильного) и двух пассивных нелинейно-упругих элементов. Процессы образования силогенерирующих поперечных мостиков в контрактильном элементе регулируются кальциевой активацией актиновых нитей. Механические условия сокращений через механизмы кооперативности регуляторных и сократительных белков оказывают в модели обратное влияние на ход кальциевой активации. В рамках модели удается имитировать и объяснить большую часть явлений из области механики активной сердечной мышцы. Последующие доработки модели (в т.ч. включение вязких элементов в реологическую схему) позволили дополнительно объяснить ряд тонких особенностей фазы расслабления миокарда. При объединении последней версии этой модели с моделью электрической активности кардиомиоцитов удалось выявить вклад механо-электрических обратных связей в аритмогенез при кальциевой перегрузке кардиомиоцитов и наметить пути коррекции этого широко распространенного патологического состояния.

07.06.2007 Филлипов Сергей Валерьевич (г. Пущино, Институт математических проблем биологии РАН). Трехмерное моделирование и динамическая визуализация объектов и процессов физико-химической биологии

21.06.2007 Пономарев Владислав Олегович (Институт биофизики клетки РАН, г. Пущино). Влияние слабых магнитных полей на образование активных форм кислорода в биологических системах

27.09.2007 Дьяконова Александра Никитична (каф. биофизики Биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова). Роль точечных зарядов на белках при взаимодействии ферредоксина и ферредоксин:НАДФ-оксидоредуктазы

04.10.2007 Апонина Елена Александровна (г. Пущино, Институт математических проблем биологии РАН). Численно-аналитическое исследование математических моделей биологических систем

11.10.2007 Торшин Иван Юрьевич (Химический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова). Биофизические методы в биоинформатике

18.10.2007 Плюснина Татьяна Юрьевна (каф. биофизики Биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова) Синтез рибосомной РНК. «Геометрическое» моделирование

25.10.2007 Авилов Константин Константинович (Институт вычислительной математики РАН). Математическое моделирование распространения и контроля туберкулеза в России. Оценка эффективности противотуберкулезных мероприятий

01.11.2007 Копит Татьяна (Физический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова). Имитационное моделирование протонного транспорта и его влияния на синтез АТФ на фотосинтетической мембране

08.11.2007 Нестеренко Алексей (каф. биофизики Биологического факультета МГУ им. М.В.Ломоносова). Мобильность ионов в примембранном слое воды

15.11.2007 Москаленко Андрей Витальевич (Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН). Исследование желудочковых тахикардий в моделях in silico и in vitro

22.11.2007 Юсипович Александр Иванович (каф. биофизики Биологического факультета МГУ им. М.В.Ломоносова). Использование лазерной интерференционной микроскопии для оценки состояния клеток

29.11.2007 Отчеты сотрудников сектора

06.12.2007 Торшин Иван Юрьевич (Химический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова). Биофизические модели взаимосвязи структуры и функции белка для биоинформатики и пост-геномных исследований

20.12.2007 Глушков Василий Николаевич (Вятский Государственный Университет). Метод «обратной имитационной задачи» при анализе колебаний численности тундровых животных